O Museu de São Roque foi um dos primeiros museus de arte a serem criados em Portugal. Abriu ao público em 11 de Janeiro de 1905, com a designação de Museu do Thesouro da Capela de São João Baptista, em evocação da importante coleção de arte italiana que esteve na origem da sua criação. Desde a sua abertura ficou instalado no edifício da antiga Casa-Professa da Companhia de Jesus em Lisboa, espaço contíguo à Igreja de São Roque, que tinha sido doado à Santa Casa da Misericórdia de Lisboa em 1768, após a expulsão dos jesuítas.

Ao longo do século XX foi objeto de várias remodelações ,que permitiram acompanhar as mudanças operadas no domínio da museologia. A remodelação mais profunda foi levada a cabo entre 2006 e 2008, permitindo ao museu ampliar e duplicar a sua área de exposição permanente.